«Пандемия COVID-19 привела к множеству ограничений на доступность тестирования, поэтому мы надеемся, что предоставление еще одного варианта тестирования для обнаружения SARS-CoV-2 с помощью клинически проверенного набора реагентов поможет в этих усилиях в то время, когда цепочка поставок была серьезной проблемой ", – пояснил ведущий следователь Грегори Дж. Берри, доктор философии, доктор медицинских наук (ABMM), Диагностика инфекционных заболеваний, Лаборатории здоровья Нортвелла, Лейк Саксесс, Нью-Йорк, США; и Департамент патологии и лабораторной медицины Медицинской школы Дональда и Барбары Цукер в Хофстра / Нортвелл, Хемпстед, штат Нью-Йорк, США.
Тесты на амплификацию нуклеиновых кислот (NAAT) для обнаружения SARS-CoV-2 в респираторных образцах были стандартным диагностическим методом.
CDC первоначально разработал наиболее широко используемый анализ NAAT, который включает праймеры и зонды для обнаружения областей N1 и N2 гена нуклеокапсида, белка, который играет ключевую роль в усилении вируса, а также гена РНКазы P человека для мониторинга РНК. извлечение и обеспечение качества образцов.
Доктор. Берри и Вей Чжэнь, доктор философии, также работающие в отделении диагностики инфекционных заболеваний, Northwell Health Laboratories, разработали одноэтапный качественный тест RT-PCR NWHL LDT в реальном времени с использованием прибора 7500 Fast Dx для ПЦР в реальном времени.
Тест NWHL LDT нацелен на ген S SARS-CoV-2 и использует те же праймеры и зонды для внутреннего контроля анализа, что и модифицированный тест CDC.
Исследование предела обнаружения (LOD) NWHL LDT с инактивированным вирусом показало такую же эффективность с модифицированным анализом CDC, с конечным LOD 1,301 ± 13 геномных эквивалентов для NWHL LDT по сравнению с 1249 ± для модифицированного анализа CDC. Клиническая оценка 270 образцов мазков из носоглотки от лиц с подозрением на COVID-19 показала 98.5% положительное согласие и 99.3% отрицательное согласие по сравнению с модифицированным анализом CDC.
NWHL NDT также показал значительную эффективность по сравнению с анализом CDC, поскольку для теста требуется только один набор смеси праймеров и зондов на образец по сравнению с тремя наборами и использованием трех лунок для каждого пациента в модифицированном анализе CDC.
Это еще больше упрощает настройку каждого прогона. Экономия рабочего времени, реагентов и расходных материалов – еще одно преимущество в условиях глобальной нехватки реагентов. Этот анализ может быть легко реализован другими лабораториями для диагностического использования.
Авторы заметили, что NWHL LDT представляет собой оценку одного сайта с одним геном-мишенью, в то время как в коммерческих тестах для обнаружения высококонтагиозного патогена SARS-CoV2 наблюдается тенденция к созданию двойной мишени. «Периодический мониторинг для подтверждения того, что мутации не развивались в области, на которую нацелены праймеры и зонд NWHL LDT, является адекватным средством контроля качества для обеспечения постоянной и стабильной аналитической производительности», – прокомментировал.
Доктор. Чжэнь.